Zásada rovnosti v daňovém řízení stanoví, že všechny daňové subjekty mají v daňovém řízení před správcem daně stejná procesní práva a povinnosti. Tato zásada odpovídá § 2 odst. 8 daňového řádu, podle kterého mají všichni účastníci daňového řízení rovná práva a povinnosti. Zásada procesní rovnosti účastníků je obecnou zásadou právního státu. Nejedná se o pouhou proklamaci, neboť správce daně je povinen procesní rovnost daňových subjektů zajistit a je rovněž povinen zabránit jejímu porušování. Princip „rovnosti zbraní“ souvisí a dá se považovat za součást práva na spravedlivý proces i součást principu rovnosti a zákazu diskriminace (čl. 36 Listiny základních práv a svobod, čl. 6 odst. 1 a čl. 14 Evropské úmluvy).
Povinnost zachovávat rovnost v daňovém řízení konstatoval český Ústavní soud ve svém rozhodnutí IV. ÚS 273/02: „Ústavní soud nesdílí názor, že předmětem přezkumu v daňovém řízení a následném řízení před správním soudem může být pouze to, zda podle pomůcek daň vyměřena být mohla, avšak případné nerespektování ustanovení § 46 odst. 3 daňového řádu správcem daně již v přezkumném řízení napravit nelze. Takový postup zakládá nerovnost účastníků řízení a je tedy rozporný s ustanovením čl. 37 odst. 3 Listiny a ve svých důsledcích porušuje i čl. 4 odst. 4 Listiny.“
Další zásadní judikát Ústavního soudu ČR ohledně rovnosti v daňovém řízení se zabýval výkladem principu „rovnosti zbraní“ a ustanovení § 16 odst. 4 písm. e) daňového řádu, dle nějž má daňový subjekt, u něhož se provádí daňová kontrola, právo ve vztahu k pracovníku správce daně klást svědkům a znalcům otázky při ústním jednání a místním šetření. Ústavní soud ČR konstatoval ve svém nálezu II. ÚS 232/02, že v rámci zachování „rovnosti zbraní“ v daňovém řízení je třeba pravidlo, uvedené v citovaném ustanovení zákona o správě daní a poplatků, aplikovat vždy, je-li finančním orgánem ve vztahu k daňovému subjektu prováděno dokazování (§ 31 citovaného zákona). Daňový poplatník je tedy oprávněn stejně jako pracovníci správce daně klást otázky a účastnit se jednání a šetření. Toto právo vyplývá i z ustanovení § 7 odst. 1 zákona o správě daní a poplatků, podle něhož se daňového řízení vedeného správcem daně zúčastňují mimo jiné daňové subjekty, a o příslušném ústním jednání sepíše správce daně v souladu s ustanovením § 12 odst. 1 zákona o správě daní a poplatků protokol, jehož náležitosti jsou uvedeny v následujících odstavcích tohoto zákona. Takový protokol je dle § 134 zákona č. 99/1963 Sb., občanský soudní řád, veřejnou listinou.
Nerovnost daňových poplatníků
Praktický problém nerovnosti daňových poplatníků v České republice spočívá i v tom, že jednotlivé finanční úřady i finanční ředitelství v České republice se ve svých rozhodnutích velmi liší. (Různou judikaturu lze pohříchu sledovat u různých správních soudů. Zde však již počíná být patrný jistý pozitivní vliv sjednocujícího působení Nejvyššího správního soudu i některých zásadních judikátů Ústavního soudu ČR.) Díky tomu nově vznikající společnosti umísťují „na oko“ své sídlo tak, aby jejich správcem daně bylo „mírnější“ finanční ředitelství či finančních úřad. Dochází tak k jednoznačnému porušení zásady zakotvení rovnosti před zákonem. Četnost kontrol ze strany finančních orgánů závisí i na tom, kolik daňových subjektů spadá do jejich místní příslušnosti. Zásada rovnosti před zákonem by mohla být dále porušována i tím, že právnické osoby jsou statisticky dvojnásobně více kontrolovány než osoby fyzické.
Pohled „rovnosti zbraní“ či proporcionality na daňové řízení ve vztahu poplatník – správce daně se v právnickém diskursu objevují alespoň na úrovni některých rozhodnutí Ústavního či Nejvyššího správního soudu ČR či opatrných komentářů daňového řádu např. k otázce rozvržení důkazního břemene mezi poplatníka a správce daně. Naprosto frapantní nerovnost se však objevuje při srovnání výše sankce, pokud se poplatník dostane do prodlení s placením daně, a výše plnění, které poskytuje stát, pokud se dostane do prodlení s vracením peněz poplatníka, které neoprávněně drží. A to pomíjím skutečnost, že obecný soud dospívá k závěru, že termín placení si stanovuje dlužící správce daně sám.