Ačkoli se v Evropské unii původně počítalo s harmonizací přímých i nepřímých daní, je nutno konstatovat, že harmonizace daní přímých prakticky neprobíhá. Po několika neúspěšných pokusech EU harmonizovat důchodové daně se na harmonizaci v této oblasti víceméně rezignovalo. Příčinou je, že členské země se nehodlají ve prospěch společného trhu vzdávat svých zvyklostí a považují zásahy do základů a sazeb důchodových za vměšování do vlastních záležitostí. Harmonizace se tak stává politickým problémem. Některé zejména menší členské země, se naopak snaží těžit z daňové konkurence a snižují sazby daní na minimum. Protože harmonizovat přímé daně je v EU z politických důvodů nemožné, přijímají státy EU doporučení OECD týkající se přímého zdanění. V EU byly přijaty některé směrnice a další dokumenty ke korporativní i osobní dani. K vzájemné výměně informací a ke spolupráci mezi národními daňovými administrativami byla přijata směrnice pro vzájemnou spolupráci v otázkách přímých daní, která byla v roce 1997 rozšířena i na daně nepřímé.
Tato směrnice upravuje výměnu informací, součinnost při vyšetřování nebo pouhém zjišťování a přítomnost agenta jednoho členského státu na území jiného členského státu za účelem kontroly aktivit nadnárodních společností. Už v roce 1957 zdůrazňovali zakladatelé Evropského hospodářského společenství význam koncentrace kapitálu přes národní hranice, jakožto prostředek k nashromáždění velkých kapitálových částek a umožnění konkurenceschopnosti podniků na světovém trhu. K usnadnění tohoto procesu, resp. proti jeho daňovým překážkám, přijala Rada ministrů roku 1990 dvě významné směrnice a jednu konvenci, týkající se daní z příjmů společností. Jde o směrnice: „The Parent-Subsidiary directive“ (směrnice o mateřských a dceřiných společnostech) a „The Merge Directive“ (směrnice o fúzích). Obě směrnice jsou platné od roku 1993. První z nich má za úkol snížit rozdíly v daňových zákonech, které upravují zdanění skupin společností, působících v národním měřítku a skupin společností, působících v rámci EU. Z hlediska právní formy se vztahuje na společnosti s ručením omezeným, na akciové společnosti a komanditní společnosti. Směrnice sleduje dva cíle. Za prvé zaručit, že členský stát mateřské společnosti buď nezdaní příjmy společnosti dceřiné, sídlící v jiné členské zemi, nebo pokud mateřské společnosti zdaní příjmy od dceřinné společnosti, umožní zároveň
mateřské společnosti odečíst od základu daně daň z příjmů, kterou dceřiná společnost platí v jiné členské zemi. A za druhé je jejím cílem vyloučit po zdanění dceřiné společnosti rozdělení zisku (směrem k mateřské společnosti – tzv. průtočné dividendy) ze srážkové daně.
Směrnice o fúzích
Směrnice o fúzích upravuje v rámci EU odklad daňové povinnosti, plynoucí z kapitálových výnosů při fúzi, při rozdělení společnosti, při převodu aktiv a výměně akcií přes státní hranice. Základní myšlenkou této směrnice je, aby se zdanění takto vzniklých vnitřních rezerv společnosti odložilo až do doby jejich realizace. Jestliže například při fúzi dvou společností jsou akcionářům vyměněny akcie, znamená to z hlediska správy daně, že akcionář dostal ze zahraničí příjem v podobě akcie, což by mohlo být okamžitě předmětem daně. Směrnice však odkládá toto zdanění až do doby realizace, tj. do doby prodeje těchto akcií akcionářem.
Směrnice o zdaňování úroků z úspor fyzických osob byla přijata v roce 2003, ukládá plátcům úroků povinnost poskytovat správci daně informace k identifikaci úrokových plateb vyplácených fyzickým osobám, které jsou rezidenty v jiné zemi EU. Tato směrnice nemění způsob zdanění, má jen omezit daňové úniky. Směrnice o úrocích a licenčních poplatcích odstranila srážkovou daň z úroků z licencí, pokud jsou poskytovány mezi spojenými společnostmi přes hranice členských států. U tohoto předpisu má Česká republika odklad do roku 2011. Srážková daň z licenčních poplatků, které platí české podniky zahraničním společnostem, tvoří totiž nemalý příjem do státního rozpočtu.