Při posuzování důkazů se správce daně řídí zásadou volného hodnocení důkazů, která je zakotvena v ustanovení § 2 odst. 3 ZSDP. Při hodnocení důkazů musí jít vždy o systematický a komplexní přístup správce daně. Správce daně má za povinnost dbát, aby skutečnosti rozhodné pro správné stanovení základu daně a daně byly zjištěny co nejúplněji. Volné hodnocení důkazů je vždy přezkoumatelné, a to jak odvolacím nebo přezkumným orgánem, tak i soudem v rámci soudního přezkumu.
Důkazním prostředkem v daňovém řízení může být vše, čím lze ověřit skutečnosti rozhodné pro správné stanovení daňové povinnosti a co není získáno v rozporu s obecně závaznými právními předpisy. Jedná se zejména o podání daňového subjektu, svědecké výpovědi a znalecké posudky, veřejné listiny, zprávy o daňových kontrolách, protokoly a úřední záznamy o místním šetření, povinné záznamy vedené daňovými subjekty a doklady k nim (nejčastěji účetnictví vedené podle zákona č. 563/1991 Sb., o účetnictví). Nesplní-li daňový subjekt důkazní povinnost, to znamená, že neunese důkazní břemeno, může správce daně podle ustanovení § 31 zákona o správě daní a poplatků stanovit daň podle pomůcek, které má k dispozici nebo které si obstará bez součinnosti s daňovým subjektem (např. listinné důkazy, výpisy z veřejných záznamů, daňové spisy jiných subjektů, znalecké posudky a výpovědi svědků v jiných daňových věcech a osob předzvědných, zprávy a vyjádření správců daně, státních orgánů a orgánů obcí, zájmových sdružení a vlastní poznatky správce daně, a to jak z průběhu zdaňování u dotčeného subjektu, tak i daňových subjektů obdobných). V případě, že správce daně nemá k dispozici žádné pomůcky, které by mohl při stanovení daňové povinnosti použít, může s daňovým subjektem sjednat základ daně a následně daň. Jedná se o výjimečný způsob stanovení daně, kdy nelze daň dostatečně spolehlivě stanovit ani dokazování, ani podle pomůcek.
Právě problematika důkazního břemene a stanovování daní daňovými pomůckami je často za hranicí principu „rovných zbraní“ (k tomu více v části Rovnost v českém daňovém právu, zejména pak v daňovém řízení této práce).
Každý daňový subjekt má jednak povinnost sám daň přiznat (tedy břemeno tvrzení), ale též povinnost toto své tvrzení doložit (tedy břemeno důkazní). „Ustanovení § 31 odst. 9 zákona ČNR č. 337/1992 Sb., o správě daní a poplatků, ukládá daňovému subjektu prokázat všechny skutečnosti, které je povinen uvádět v daňovém přiznání nebo k jejichž průkazu byl správcem daně v průběhu daňového řízení vyzván. Daňový subjekt je tak odpovědný za to, že jím předložené důkazní prostředky budou konkrétní a budou prokazovat jeho tvrzení.“
Je zřejmé, že daňový poplatník, který určité údaje ve svém daňovém přiznání tvrdí, musí v případě pochybností tyto prokázat, avšak Ústavní soud ČR ve svém rozhodnutí Pl. ÚS 38/95 upozorňuje, že: „Ustanovení § 31 odst. 9 zákona č. 337/1992 Sb., o správě daní a poplatků, v platném znění, nedává správci daně oprávnění vyzvat daňový subjekt k prokázání čehokoliv, ale pouze k prokázání toho, co tvrdí tento subjekt sám. Taková úprava důkazního břemene v daňovém řízení není v rozporu s ustanovení čl. 11 odst. 5 Listiny základních práv a svobod ani s jinými ústavně zaručenými právy a svobodami. … Správou daně se rozumí právo vykonávat opatření potřebná ke správnému a úplnému zjištění daňové povinnosti, jakož i k jejímu splnění. Zákon o správě daní a poplatků je zvláštním procesněprávním předpisem, který upravuje postup daňových orgánů při vybírání daní a poplatků a dále práva a povinnosti daňových subjektů. Daňové řízení je zvláštním druhem správního řízení, které je prováděno specializovanými orgány státní správy. Je to ve své podstatě řízení dvoustranné, písemné a neveřejné. Je založeno na dvou základních zásadách, a to na zásadě zákonnosti a na zásadě součinnosti. Zejména druhá zmíněná zásada se dotýká projednávané věci. Tato zásada je vyjádřena zejména v § 2 odst. 2 zákon České národní rady č. 337/1992 Sb., který stanoví, že správci daně postupují v řízení v úzké součinnosti s daňovými subjekty a při vyžadování plnění jejich povinností mají volit jen takové prostředky, které daňové subjekty nejméně zatěžují a umožňují ještě dosáhnout cíle řízení, tj., správného stanovení a vybrání daně.“ K dokazování ve správním řízení je důležité i rozhodnutí Krajského soudu v Ostravě sp. zn. 22 Ca 421/2002: „Rozhoduje-li správní orgán v neprospěch daňového subjektu, protože daňový subjekt neprokázal své tvrzení (z důvodů neunesení důkazního břemene podle §31 odst. 9 zákona ČNR č. 337/1992 Sb., o správě daní a poplatků), pak takový závěr předpokládá, že správní orgán řádně a úplně provedl navržené důkazy.
Důkaz, který daňový subjekt k prokázání svého tvrzení označil, není třeba provést tehdy, jestliže jeho prostřednictvím nepochybně nemohou být rozhodné skutečnosti prokázány. Správní orgán nemůže provedení důkazu odmítnout s tím, že od něho nelze očekávat potvrzení pravdivosti tvrzené skutečnosti (např. nevyslechnutí navržených svědků s poukazem na ekonomickou či personální propojenost s daňovým subjektem), neboť správní orgán nemůže předem hodnotit pravdivost a věrohodnost důkazů, aniž by je vůbec provedl.“191 Nejvyšší správní soud k dokazování uvedl: „Je-li v daňovém řízení v rámci dokazování prováděn výslech svědků a daňový subjekt nemá možnost být tomuto výslechu přítomen a klást při něm svědkům otázky, je taková svědecká výpověď důkazem pořízeným v rozporu se zákonem [§ 2 odst. 9 a § 16 odst. 4 písm. e) zákona ČNR č. 337/1992 Sb., o správě daní a poplatků].“ Ústavní soud ČR dokonce musel upozornit na to, že „správce daně nemůže po daňovém poplatníkovi požadovat provedení důkazů o skutečnosti, na které se nepodílel.“ Pro ústavně konformní výklad důkazního břemene v daňovém řádu je poměrně důležitý judikát Ústavního soudu ČR IV. ÚS 29/05, který upozorňuje na to, že se jedná o ústavně konformní průlom do ochrany autonomie jednotlivce z důvodů ústavně aprobovaného veřejného zájmu, vyjádřeného čl. 11 odst. 5 Listiny. V tomto nálezu Ústavní soud upozorňuje na to, že rozšíření důkazního břemene nad časově a věcně zákonem vymezený rámec je excesem správce daně a porušením čl. 2 odst. 2 a čl. 4 odst. 1 Listiny. „Rozsah povinnosti nést důkazní břemeno v daňovém řízení je tedy třeba vůči daňovému subjektu vykládat tak, aby vůbec ještě byl respektován onen autonomní prostor jednotlivce, resp. zachována proporce mezi tímto prostorem na straně jedné a veřejným zájmem na straně druhé. Vyměří-li či doměří-li správce daně na základě takto excesivně vyložené důkazní povinnosti daňového subjektu daň podle pomůcek, poruší tím rovněž i článek 11 odst. 5 Listiny.
Problematika stanovení daně
Problematika stanovení daně (základu daně) na základě pomůcek je jedním z nejproblematičtějších částí českého daňového řádu a jeho realizace. Tato otázka byla mnohokrát řešena správními soudy i Ústavním soudem ČR. Jde zejména o skutečnost, že stanoví-li správce daně daňovou povinnost podle ustanovení § 31 odst. 5 zákona o správě daní a poplatků, musí pak stanovit, byť pomocí pomůcek, nejen příjmy, ale i daňové výdaje a nezdanitelné částky.
V otázce vyměření daně na základě pomůcek je problematická i skutečnost, v jakém rozsahu je stanovení pomůcek a výpočet daně přezkoumatelné soudem a vůbec posouditelné daňovým poplatníkem. V této věci jednoznačně konstatoval Ústavní soud ČR v nálezu IV. ÚS 179/2001, že „v případech, kdy je daň stanovena podle pomůcek, musí se odvolací orgán vyrovnat i s otázkou, zda správce daně splnil své zákonné povinnosti vyplývající z ustanovení § 46 odst. 3 daňového řádu. Každý jiný postup staví účastníka daňového řízení do nedůvodně nerovného postavení a je tedy v rozporu s čl. 37 odst. 3 Listiny základních práv a svobod.“
I v této záležitosti se sice jedná o samozřejmý a jediný možný právní výklad, avšak kupodivu obecné soudy opakovaně rozhodovaly opačně – Krajský soud v Hradci Králové pod sp. zn. 31 Ca 149/98 rozhodl, že v případě, kdy je daňová povinnost stanovena podle pomůcek, není správce daně povinen s odkazem na ustanovení § 23 odst. 2 daňového řádu s těmito pomůckami, které jsou podkladem jeho rozhodnutí, daňovému subjektu umožnit seznámení; Městský soud v Praze ve věci sp. zn. 38 Ca 50/99 k námitce žalobce o nepředložení pomůcek použitých pro výpočet daně konstatoval, že tento postup není v rozporu s ustanovením § 23 odst. 2 daňového řádu.
Nejproblematičtější záležitost, zatím soudně jednoznačně neřešená, je problematika samotného stanovování pomůcek, finanční úřady obvykle vycházejí z obdobné podnikatelské činnosti v jeho obvodu, nejsou však žádné oficiálně přístupně a jednoznačně přezkoumatelné metodiky tohoto stanovení. Finanční úřady dokonce neumožňují poplatníkům nahlížet do spisu v těchto věcech s tvrzením, že používají údaje jiných daňových subjektů. Správní soudy při sporech ve věci nahlížení do spisu zastávaly názor, že rozhodnutí správce o rozsahu, v jakém umožní subjektu nahlédnout do spisu, je rozhodnutím procesním, resp. rozhodnutím, jímž se upravuje vedení správního řízení, a jako takové není soudem přezkoumatelné. Zatím v této věci očekávám obdobně přelomový judikát jako nové výše citované rozhodnutí Nejvyššího správního soudu ve věci zahájení opakované kontroly, a to jak v otázce nahlížení do spisu, tak v otázce přezkoumatelnosti použitých pomůcek. V souvislosti s problematikou rovnosti poplatníků rovněž upozorňuji na problematičnost neexistence jednotné a veřejně přístupné metodiky pro výpočet daně dle pomůcek na celém území ČR.