Ve svém komplexu tvoří právo na soudní a jinou právní ochranu a jeho záruky v právním řádu základní složku pojetí právního státu v našem ústavním řádu. Upravuje je hlava pátá Listiny základních práv a svobod, hlava čtvrtá Ústavy ČR a řada mezinárodních smluv, kromě výše uvedené Evropské úmluvy je to Mezinárodní pakt o občanských a politických práv, Úmluva o právech dítěte a některé další. Některé části práva na spravedlivý proces platí pro každé právní řízení, jiná se vztahují jen na řízení soudní nebo jen na řízení trestní. Pro daňovou problematiku je tedy nejdůležitější část týkající se práva na spravedlivý proces před každým orgánem státu, dále práva na soudní přezkum správního rozhodnutí a práva na náhradu škody, způsobenou nesprávným postupem či rozhodnutím. Čl. 36 odst. 1 Listiny základních práv a svobod zaručuje každému možnost domáhat se stanoveným postupem svého práva u soudu i u jiného orgánu. Oním jiným orgánem může být každý orgán veřejné moci, kterému je zákonem svěřeno ve stanoveném rozsahu chránit tímto způsobem práva jednotlivce, tedy například i finanční úřad. Čl. 36 odst. 2 Listiny základních práv a svobod zavádí právo, aby každé správní rozhodnutí bylo přezkoumatelné soudem. Čl. 36 odst. 2 Listiny základních práv a svobod zakotvuje právo na náhradu škody způsobené nezákonným rozhodnutím nebo nesprávným úředním postupem. Z procesních záruk práva na spravedlivý proces (čl. 37 Listiny základních práv a svobod) se i pro řízení před finančními orgány uplatní zejména právo na právní pomoc (které má každý občan při jakémkoli řízení před orgánem veřejné moci), rovnost účastníků řízení (rovnost zbraní), právo na tlumočníka, právo vyjádřit se k prováděným důkazům a právo na rozhodnutí bez zbytečných průtahů.
Jedním z nejzásadnějších judikátů Ústavního soudu ČR pro další vývoj správního soudnictví bylo rozhodnutí Pl. ÚS 16/99, publikované ve Sbírce zákonů pod č. 276/2001 Sb., kterou byla zrušena část pátá „Správní soudnictví“ (§ 244 – 250s) občanského soudního řádu (zákona č. 99/1963 Sb.). Ústavní soud ČR konstatoval, že zrušená úprava správního soudnictví vykazuje závažné ústavněprávní deficity. Především nejsou některé aktivity veřejné správy, stejně jako její případná nečinnost, pod kontrolou soudní moci vůbec. Dále pak ne každý, kdo může být ve svých právech dotčen správním rozhodnutím, má právo obrátit se na soud. Pokud pak i takové právo má, není stranou v plnohodnotném fair procesu ve smyslu čl. 6 odst. 1 Evropské úmluvy, ač by tomu tak v řadě věcí být mělo. Vydané soudní rozhodnutí je pak konečné a (s výjimkou ústavní stížnosti) nereformovatelné, což vede k nejednotné judikatuře, jakož i k nerovnému postavení správního úřadu, tedy ke stavu rozpornému s požadavky právního státu. Konečnost některých rozhodnutí (zastavení řízení) pak může vést i k odmítnutí spravedlnosti. Konečně pak výkon správního soudnictví je organizován způsobem, který ignoruje skutečnost, že Ústava ČR v čl. 91 uvádí jako součást soustavy soudů Nejvyšší správní soud.
Citované rozhodnutí navazovalo na předchozí judikaturu v této věci, např. na rozhodnutí Ústavního soudu ČR Pl. ÚS 28/98: „Odepření soudní ochrany ve věcech přezkumu rozhodnutí orgánů veřejné správy je možné v případě, že tak stanoví zákon. Není to však možné v případě, že se jedná o rozhodnutí, která se týkají základních práv a svobod podle Listiny základních práv a svobod, Ústavy ČR a mezinárodních úmluv podle čl. 10 Ústavy ČR . Jakýkoli jiný postup je v rozporu s čl. 36 odst. 2 Listiny základních práv a svobod a čl. 4 Ústavy ČR. Každá fyzická i právnická osoba má v ČR ústavně zaručeno právo na spravedlivý proces podle čl. 6 odst. 1 Evropské úmluvy.“
V rozhodnutí II. ÚS 91/98 Ústavní soud ČR chápe právo na spravedlivý proces v daňové oblasti dosti široce, když konstatuje, že: „Postupem obecného soudu je porušena zásada spravedlivého procesu, když se soud přesvědčivě nevyrovnal se situací, v níž na jedné straně vznikla povinnost vrátit kupní cenu jako bezdůvodné obohacení z absolutně neplatné kupní smlouvy a na druhé straně povinnost dodatečně zaplatit vyměřenou daň z příjmu.“
Pro výklad práva na spravedlivý proces je důležité i rozhodnutí Ústavního soudu ČR Pl. ÚS 8/99, kterým bylo konstatováno, že v čl. 36 odst. 2 je uplatněním tzv. negativní enumerace, tj. zákonem uvedeného výčtu výjimek z přezkoumávání rozhodnutí orgánů veřejné správy soudem, připuštěných za předpokladu, že se nejedná o přezkoumávání rozhodnutí týkajících se základních práv a svobod podle Listiny základních práv a svobod. Čl. 4 odst. 4 Listiny základních práv a svobod praví, že při používání ustanovení o mezích základních práv a svobod musí být šetřeno jejich podstaty a smyslu. Meze základních práv a svobod – pokud jde o soudní přezkum rozhodnutí orgánů veřejné správy – jsou dány:
- samotnou Listinou základních práv a svobod v čl. 36 odst. 2, v první větě in fine („Kdo tvrdí, že byl ve svých právech zkrácen rozhodnutím orgánu veřejné správy, může se obrátit na soud, aby přezkoumal zákonnost takového rozhodnutí, nestanoví-li zákon jinak.“)
- občanským soudním řádem (tedy zákonem) v ust. § 248 odst. 1, 2, 3, kde jsou zakotveny případy, kdy soudy rozhodnutí správních orgánů nepřezkoumávají. V souzené věci se jedná o použití ust. § 248 odst. 2 písm. e) o.s.ř., které vylučuje ze soudního přezkumu mimo jiné i rozhodnutí správních orgánů předběžné povahy. Podle přesvědčení Ústavního soudu použitím tohoto ustanovení (které vytváří mez základního práva na soudní ochranu ve smyslu čl. 36 Listiny základních práv a svobod) nejsou podstata a smysl tohoto základního práva dotčeny. To proto, že právo fyzické a právnické osoby na soudní ochranu je dostatečně zajištěno tím, že je v pravomoci soudů přezkoumávat rozhodnutí správních orgánů, která mají povahu rozhodnutí konečného.
Čl. 36 odst. 2 druhá věta
Čl. 36 odst. 2 druhá věta Listiny základních práv a svobod praví, že z pravomoci soudu však nesmí být vyloučeno přezkoumávání rozhodnutí týkajících se základních práv a svobod podle Listiny základních práv a svobod. Toto ustanovení navazuje na první větu čl. 36 odst. 2 Listiny základních práv a svobod,která je citována výše. Z porovnání obou vět tohoto odstavce lze usuzovat, že druhá věta čl. 36 odst. 2 Listiny základních práv a svobod má na mysli jiná základní práva a svobody (podle Listiny základních práv a svobod) než základní právo na soudní ochranu; jinak by totiž bylo vyloučení práva na soudní ochranu vždy v rozporu s Listinou základních práv a svobod a dovětek první věty 2. odst. čl. 36 („nestanoví-li zákon jinak“) by smysl neměl.
Pro postup soudů i finančních orgánů v daňových věcech pak Ústavní soud ČR jednoznačně ve svém rozhodnutí IV. ÚS 168/96 konstatoval, že „za jednoduchý případ však zpravidla není možno považovat věci daňové, které již svou podstatou jsou složité a náročné.“